OpenMendel系列-VCFTools包

doc, genetics, julia, openmendel    
  1. IO
  2. Summary statistics
  3. Filter

IO

openvcf()

Summary statistics

  • nrecords()

  • nsamples()

  • gtstats("in.vcf[.gz]", ["out.stats.txt"]): 返回一个元组, 依次包含:

    1. 标记总数

    2. 样本总数

    3. 有GT的标记总数

    4. 每个样本的missing标记数

    5. 每个标记的missing样本数

    6. 每个标记的maf

    7. 每个标记的minor allele基因型(GT)

    如果指定了第二个参数, 会输出一个统计结果文件,格式为:

| NCOL | Fields | | :–- | :–––––––––––––––––––––– | | 1-8 | VCF 固定列: CHR,POS,ID,REF,ALT,QUAL,FILT,INFO | | 9 | Missing genotype count | | 10 | Missing genotype frequency | | 11 | ALT allele count | | 12 | ALT allele frequency | | 13 | Minor allele count | | 14 | Minor allele frequency | | 15 | HWE P-value |

Filter

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